按重症肌无力抗体分型有一定局限性，因为约有50%的单纯眼肌型以及85%的全身型重症肌无力患者的体内可以检测到AChR-ab，即：虽然CT影像、药理学检查、电生理检查等相关证据显示是重症肌无力，但有时患者体内检测不到MG抗体。在检测重症肌无力抗体时，部分AChR-ab阴性的全身型患者的体内可以检测到MuSK-ab（肌肉特异性酪氨酸激酶）或检测出低密度脂蛋白受体相关蛋白LRP4-ab。
除了这三种常见的重症肌无力抗体，胸腺瘤伴MG患者，尤其是上皮细胞型胸腺瘤的MG的患者，其血清中可以检测到Titin-ab。除了这些已知的抗体，仍有部分MG自身免疫抗体检测不到的患者，但药理学和电生理检查呈现阳性，这种情况不应拘泥于一定要检出抗体才能确诊，也可以用联合疗法用药后发现症状改善，然后反向推断，我们一般称之为血清重症肌无力抗体阴性的（SNMG）患者。
